【佳学基因检测】RNA测序结果的标准化展示——MA作图
An MA-plot (Dudoit et al. 2002) provides a useful overview for the distribution of the estimated coefficients in the model, e.g. the comparisons of interest, across all genes. On the y-axis, the “M” stands for “minus” – subtraction of log values is equivalent to the log of the ratio – and on the x-axis, the “A” stands for “average”. You may hear this plot also referred to as a mean-difference plot, or a Bland-Altman plot.
Before making the MA-plot, we use the lfcShrink function to shrink the log2 fold changes for the comparison of dex treated vs untreated samples. There are three types of shrinkage estimators in DESeq2, which are covered in the DESeq2 vignette. Here we specify the apeglm method for shrinking coefficients, which is good for shrinking the noisy LFC estimates while giving low bias LFC estimates for true large differences (Zhu, Ibrahim, and Love 2018). To use apeglm we specify a coefficient from the model to shrink, either by name or number as the coefficient appears in resultsNames(dds)
.
- 【佳学基因检测】如何将全基因组测序(WGS)基因检测数据定位到人的标准基因组上?...
- 【佳学基因检测】FISH基因检测中的探针类型选择...
- 【佳学基因检测】肿瘤基因检测生物信息分析注意事项...
- 【佳学基因检测】癌症基因组检测要点:一定要知道!...
- 【佳学基因检测】什么是基因组检测?...
- 【佳学基因检测】TP53突变基因检测...
- 【佳学基因检测】基因解码对Y染色体的进一步解密...
- 【佳学基因检测】肿瘤基因检测需要包括重复或反复区域的分析吗?...
- 【佳学基因检测】如何采用液体活检检进行细胞学检测与NGS测序...
- 【佳学基因检测】临床科研服务:GWAS课题中的统计分析...
- 【佳学基因检测】肿瘤靶向药物Regorafenib (Stivarga) 及其在结直肠癌治疗中的作用...
- 【佳学基因检测】PLIN2的突变种类和类型的分析该如何解码?...
- 【佳学基因检测】ADORA3的表观遗传学变化在医学上的进展是怎样的?...
- 【佳学基因检测】ALDOA的群体遗传学结果对基因检测准确性的影响...
- 【佳学基因检测】SLC25A4的双生子遗传学分析结果简介...
- 【佳学基因检测】ASIC1的分子遗传学分析成果...
- 【佳学基因检测】ANXA6分子病理学成果概要...
- 【佳学基因检测】检验科医师晋升考试关于ADRA2C的知识...
- 【佳学基因检测】医学院硕士研究考试关于ACVR2A基因检测的知识要点...
- 【佳学基因检测】医学博士ANK1基因检测的知识结构准备...
- 【佳学基因检测】医学院专升本关于ADCYAP1R1基因检测的基本技能...
- 【佳学基因检测】临床医生早晨查床关于AMFR基因的知识准备...
- 【佳学基因检测】病例分析会中需要知道的关于ACLY基因的知识...
- 【佳学基因检测】病案讨论中需要知道的关于AIF1的知识...
- 【佳学基因检测】内科学期中考试关于ACO1的知识点...
- 【佳学基因检测】外科学期中考试关于ADARB1的考点列举...
- 【佳学基因检测】医学遗传学中关于ACACA的知识准备...
- 【佳学基因检测】分子病理学中关于ALAS2的必知必考内容...
- 【佳学基因检测】神经内科学关于ALDOB的解释...
- 【佳学基因检测】神经外科学中如何充实AGL基因检测内容...
- 来了,就说两句!
-
- 最新评论 进入详细评论页>>