【佳学基因检测】MLPA基因检测技术、项目及应用

基因序列的变化也就是基因突变是人类疾病的最终根源。通过基因检测，发现基因序列的突变，结合基因解码技术，不仅可以知道疾病发生的原因、疾病根源的来源。还可以理解疾病的发病机理，为药物研制提供方向。同时，也可以知道该病的遗传方式。但是，任何一种方法都无法有效地检测所有的基因突变。采用分步实施，逐一排除的方法，可以将检出率，阳性率提高到95%。而MLPA方法可以鉴定完全或部分基因缺失和重复，如果MLPA检测结果为阴性时，采用HPLC检测cDNA序列，检测剪接突变、小缺失/重复。也可以采用测序的方法分析NF1基因的一个区域。

神经纤维瘤病1（NF1）是一种常染色体显性疾病，由NF1基因突变引起，临床表现广泛，该病的临床表现包括咖啡斑、神经纤维瘤、腹股沟雀斑、虹膜错构瘤、肿瘤或骨骼异常等。其中超过50%的患者存在学习。不同的患者表现出来的临床表征互不相同。不仅在家庭之间，而且在同一个家庭内，甚至是同一个患者的不同时间也会有不同的表现。从遗传学的基因的发生根源上来讲，该病也是异源性的，NF1基因的致病基因突变包括停止突变、氨基酸替代、插入、缺失（部分或全部）和染色体重排；另外，50%的患者有新发突变。依据NIH规定的临床标准进行诊断，在有家族病史的成人或儿童中具有特异性和敏感性，但无NF1家族史的儿童中，只有50%患者可以在1岁前进行诊断；因此，NF1是与咖啡斑相关的最常见的疾病，尽管在没有NF1家族史的儿童身上出现这些斑点，但这很可能是神经纤维瘤病的征兆。因此，对疑似NF1的患者进行分子诊断已经进行了很长时间。

新一代测序技术被用于诊断这种疾病和其他疾病，以提供更便宜、更快的突变识别。检测NF1上的突变是一个挑战，佳学基因采用了互相补充的方法来检测和发现疑似患者存的微小变化，如单碱基替换、插入和缺失、外显子缺失或复制、微缺失或完全基因缺失。

荧光原位杂交（FISH）、染色体微阵列分析（CMA）和细胞遗传学分析（核型）可用于检测整体和大规模基因缺失、重复或重排等总突变，但这些方法分别只能检测NF1上所有突变的2-5%、5%和1%以下。其他方法也可以检测到其中的一些突变。单碱基替换、插入和缺失等微小变化可通过单链构象多态性（SSCP）和一下代测序（Next-generation Sequencement，NGS）来检测。下一代基因测序可以测定全基因组DNA，靶向特定序列或外显子测序三种模式；变性高效液相色谱（DHPLC）也可用于检测小缺失和重复；MLPA（多重结扎依赖探针扩增）检测到的缺失和重复是在细胞遗传学分析可以分析突变以及HPLC鉴定的缺失和重复之间，即MLPA有助于检测完整或单外显子缺失或重复。

正如前面所解释的，任何一种方法都无法有效地检测所有NF1基因突变，但有报告称，多步突变检测的策略的灵敏度高达95%。佳学基因设计的方案中，第一步是使用MLPA鉴定完全或部分NF1基因缺失和重复，如果MLPA检测结果为阴性时，采用HPLC检测cDNA序列，检测剪接突变、小缺失/重复。也可以采用测序的方法分析NF1基因的一个区域，由于mRNA序列的内在特征，GC含量高，使得cDNA的扩增困难。第三种方法是单倍型分析来确定哪些突变具有潜在致病性，因为突变也可能是非致病性变体；所有在每个步骤中发现的突变都经过Sanger测序确认。

想进一步了解这方面的知识：

Genetics, Molecular Testing

 

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