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【佳学基因检测】在LINUX操作界面读取数据库中的基因检测数据

介绍通过BASH语句，利用Linux、Unix的窗口、终端通过命令行数据下载大容量基因检测数据。本文为佳学基因为基因检测机构提供的初级联系内容。

【佳学基因检测】在LINUX操作界面读取数据库中的基因检测数据


BASH语句、命令介绍

Bash (GNU Bourne-Again Shell) 是许多Linux发行版的默认Shell 。事实上，还有许多传统UNIX上用的Shell，例如tcsh、csh、ash、bsh、ksh等等，Shell Script大致都类同，当您学会一种Shell以后，其它的Shell会很快就上手，大多数的时候，一个Shell Script通常可以在很多种Shell上使用。

bash是大多数Linux系统以及Mac OS X默认的shell，它能运行于大多数类Unix风格的操作系统之上，甚至被移植到了Microsoft Windows上的Cygwin系统中，以实现Windows的POSIX虚拟接口。此外，它也被DJGPP项目移植到了MS-DOS上。

bash的命令语法是Bourne shell命令语法的超集。数量庞大的Bourne shell脚本大多不经修改即可以在bash中执行，只有使用了Bourne的特殊变量或内置命令的脚本才需要修改。 bash的命令语法很多来自Korn shell (ksh) 和 C shell (csh)， 例如命令行编辑，命令历史，目录栈，$RANDOM 和 $PPID 变量，以及POSIX的命令置换语法： $(...)。作为一个交互式的shell，按下TAB键即可自动补全已部分输入的程序名、文件名、变量名等等。

如何采用循环语句一次性获得多个基因检测数据库数据？

#!/bin/bash    ###进入bash目录
      mkdir data   ###创建data文件夹
cd data   ###转向数据文件夹
for i in `seq 25 40`; #### 创建反复读取文件名尾数从25到40
do     ####循环开始
  mkdir DRR0161${i}; ###创建子文件夹
  cd DRR0161${i};    ###进入到子文件夹
  wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/DRR016/DRR0161${i}/DRR0161${i}_1.fastq.gz; ####根据生成地址名，并从地址名下载基因检测数据一端
  wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/DRR016/DRR0161${i}/DRR0161${i}_2.fastq.gz; #####生成地址名，并从地址名下载基因检测数据另一个读取文件
  cd ..;   ###返回到数据文件夹
done    ####循环结束
cd ..

(责任编辑：佳学基因)
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