【佳学基因检测】静脉血无细胞血浆基因检测指导靶向药物PARP 抑制剂 Rucaparib 的选择和应用

采用血浆进行肿瘤靶向药物基因检测导读

基于BRCA1或BRCA2 (BRCA) 突变的转移性去势抵抗性前列腺癌 (mCRPC)患者的 TRITON2 2 期研究，聚(ADP-核糖)聚合酶(PARP)抑制剂 rucaparib 在美国获得批准。尽管建议将基因组筛查作为前列腺癌预后和治疗方案综合评估的一部分，但选择 mCRPC 患者接受 PARP 抑制剂治疗的最佳方法取决于个体临床情况。例如，评估肿瘤组织可能并不总是可行的。血浆 DNA 的基因组检测变得更容易获得，为同时评估原发性和转移性病变的 DNA 提供了一种微创选择。

案例介绍

一名患有 BRCA 突变 mCRPC 的 TRITON2 患者对 PARP 抑制剂 rucaparib 有反应，并继续治疗 32 周，这比他之前的每种疗法(比卡鲁胺、多西他赛、阿比特龙)的持续时间长了 2 倍以上。根据保存的活检组织的局部基因组检测结果，该患者参加了 TRITON2，该结果表明存在BRCA1 T1399I(等位基因百分比，19%)突变。本地测试还发现了一个ATM G1663C 突变、一个TP53 P191del 突变和一个BRAF K601E 突变。对患者开始使用 rucaparib 之前获得的血浆样本的分析检测到与档案活检中相同的基因突变，但它也揭示了BRCA2的存在纯合缺失(全基因，26 个外显子中的 26 个)和其他几种未知功能影响的改变。肿瘤靶向用药基因检测研究团队假设患者肿瘤对 rucaparib 的反应可能是由所有BRCA2外显子的纯合缺失引起的 DNA 损伤修复缺陷驱动的。由于临床疾病进展而停用 rucaparib 后，患者接受卡铂和卡巴他赛约 3 周。患者因疾病进展而死亡。

采用血浆进行肿瘤靶向药物基因检测的结论

该病例的一个值得注意的方面是在病例库肿瘤样本和最近的血浆样本中检测到的变化存在差异。这凸显了在选择靶向治疗 mCRPC 时，血浆检测与组织检测相比的优势；但是，医生必须确定哪种工具可以为每个病例提供最佳解决方案。

血浆肿瘤靶向药物基因检测关键词：

血浆,BRCA,前列腺癌,PARP抑制剂,病例报告,聚(ADP-核糖)聚合酶

血浆肿瘤基因检测基本知识介绍

前列腺癌的分子特征与识别高危遗传因素和开发具有基因组生物标志物的靶向治疗越来越相关。批准用于转移性去势抵抗性前列腺癌 (mCRPC) 患者的靶向治疗包括多聚 (ADP-核糖) 聚合酶 (PARP) 抑制剂奥拉帕尼和鲁卡帕尼，它们已在 DNA 损伤修复（(DDR) 缺陷患者，特别是BRCA1或BRCA2 (BRCA) 基因突变患者中显示出疗效。这种突变与患者的不良临床特征和不良预后有关。根据对 BRCA 突变 mCRPC 患者进行的 TRITON2 期研究，Rucaparib 在美国获得批准。

建议对包括BRCA1和BRCA2在内的多个基因的致病性突变进行基因组筛查，作为前列腺癌预后和治疗方案综合评估的一部分。然而，选择 mCRPC 患者使用 PARP 抑制剂治疗的最佳方法取决于患者的个体临床情况。由于缺乏足够质量的组织样本或难以获得同期活组织进行检查，对肿瘤组织进行分子评估(历来是金标准)可能并不总是可行的。血浆中游离 DNA (cfDNA) 的基因组检测在技术上已经取得进步，并且变得更容易获得，为同时评估来自原发性和转移性病变的 DNA 提供了一种微创选择。基于血浆的检测方法，例如 Foundation One Liquid CDx(Foundation Medicine, Inc.，Cambridge，MA)，已被批准作为选择接受 PARP 抑制剂治疗的患者的伴随诊断方法。

在 TRITON2 中，患者是根据中央组织、中央血浆或局部测试结果(血液、组织和/或血浆)的改变状态前瞻性选择的，反映了 mCRPC 患者临床基因组测试的真实情况。在这里，前列腺癌的肿瘤靶向治疗基因检测技术提升及验证小组报告了一个基于归档活检的下一代测序 (NGS) 的 TRITON2 患者的案例研究，随后对预处理血浆 cfDNA 的基因检测揭示了其他感兴趣的基因突变，前列腺癌靶向药物基因检测评估验证小组认为这些改变有助于患者鲁卡帕尼的临床治疗产生效果。

靶向药物临床案例详细介绍

一名 52 岁男性出现间歇性便秘和背痛，有淋巴细胞计数减少病史(两个月前记录)。患者从不吸烟，没有癌症家族史或其他癌症风险因素。最初的计算机断层扫描显示 T4 期前列腺腺癌侵犯邻近结构，转移至区域淋巴结(N1 期)，并转移至肝脏、骨骼和远处淋巴结(M1 期)。对腹膜后淋巴结进行活检以确认组织学。他的前列腺特异性抗原 (PSA) 水平为 1291ng/mL。

患者在确诊后不久开始使用抗雄激素比卡鲁胺(口服)(图 1A)和促性腺激素释放激素激动剂亮丙瑞林(长效注射)随后开始影响雄激素剥夺。患者接受治疗，直到 15 周后前列腺特异性抗原值开始上升，患者停用比卡鲁胺。多西他赛(静脉输注；4 个周期)加泼尼松(口服；连续给药)作为标准治疗；多西紫杉醇治疗结束后继续使用强的松1周以控制症状。由于影像学显示疾病进展和前列腺特异性抗原进展，患者最终停用多西他赛/泼尼松，并立即开始使用阿比特龙作为雄激素受体靶向治疗，持续 7 周直到影像学疾病进展和前列腺特异性抗原进展。

图1：(A)患者的临床过程和(B) 前列腺特异性抗原和肿瘤测量值。*两个可测量的肝脏病变。BID，每天两次；PSA，前列腺特异性抗原；Q3M，每 3 个月一次；Q3W，每 3 周一次；QD，每日一次。

停用阿比特龙后，根据初步诊断时获得的档案组织活检(腹膜后淋巴结转移，90% 肿瘤纯度)的局部基因组检测结果，患者被纳入 TRITON2 研究。本地测试使用了 Oncomine™ 综合检测 v3(Thermo Fisher Scientific Inc.，Waltham，MA，USA)，它可以检测 161 个癌症相关基因中的单核苷酸变异、拷贝数变异、基因融合和插入/缺失。该局部测试表明存在BRCA1 T1399I(等位基因部分 [AF]，19%)突变(表1)，一种在卷曲螺旋结构域内具有不确定意义的新变体，生物信息学分析预测其对 BRCA1-PALB2 相互作用具有有害影响。有害或可能破坏性的ATM G1663C 突变、破坏性TP53 P191del 突变和致癌的激活BRAF还检测到 K601E 突变；没有检测到基因扩增或基因融合。TRITON2 患者在开始使用 rucaparib 之前提供血浆样本用于中央基因组分析。使用 FoundationOne 液体 CDx 分析对患者的 rucaparib 前血浆样本进行分析，该分析分析 324 个癌症相关基因并确定相同类别的 BRCA 改变，包括纯合缺失。FoundationOne 液体 CDx 检测检测到与存档组织活检的 Oncomine 分析相同的变化，但也揭示了BRCA2纯合缺失(整个基因，26 个外显子中的 26 个)的存在以及血浆样本中未知功能影响的其他几个变化28% 肿瘤含量 (表1)。

表1:分子诊断分析的结果

活检来源基因改变	AF (%)	根据 Oncomine 报告的预测效应/致病性	ClinVar 临床意义
组织的局部基因组检测a
BRCA1 T1399I	19	有害^b ; 可能会损坏^c	未报告
ATM G1663C	34	有害^b ; 可能会损坏^c	未报告
TP53 P191del	84	破坏性^_	意义不明
BRAF K601E	34	致癌，激活突变	致病性
	AF (%)	FoundationOne 的功能影响	ClinVar 临床意义
TRITON2 血浆基因组检测e
BRCA2纯合丢失	–	致病性	–
BRCA1 T1399I	13.06	意义不明	未报告
ATM G1663C	26.74	致病性	未报告
TP53 P191del	28.61	致病性	意义不明
BRAF K601E	25.92	致病性	致病性
AR扩增	–	致病性	–
ALK C987R	0.21	意义不明	未报告
DIS3 H734Q	20.19	意义不明	未报告
DOT1L T790M	53.29	意义不明	未报告
FLT1 P1201L	44.57	意义不明	可能是良性的
GNA13:HIVEP1重排	–	意义不明	未报告
HSD3B1 I79T	2.54	意义不明	未报告
IRF4剪接位点 493-2_493-1ins87	37.87	意义不明	未报告
LYN扩增	–	焦点扩增	–
NBN扩增	–	意义不明	–
RAD21扩增	–	焦点扩增	–

^a诊断时腹膜后淋巴结转移活检(Oncomine™ 综合检测 v3)。^b SIFT 生物信息学工具。^c Per Polyphen 生物信息学工具。^d根据 PROVEAN 生物信息学工具。^e Pre-rucaparib 血浆样本(FoundationOne Liquid CDx Assay)。AF，等位基因分数。

患者开始使用推荐剂量的 rucaparib，600 mg，每天两次，但由于恶心/疲劳，剂量减至每天两次 500 mg，患者最终接受了 rucaparib 32 周。图 1A)。在加入 TRITON2 时，患者有 >21 个骨相关病变和多个肝脏病变。根据修改后的实体瘤反应评估标准 1.1 版，rucaparib 治疗产生了确认的部分反应(肝转移靶病变直径减少 51%；图 1B) 持续 13 周，持续到后续抗癌治疗之前的最后一次放射学评估，导致 29 周的 rPFS，没有确认的骨骼进展。患者也有确认的前列腺特异性抗原反应(最大降低 95%；图 1B) 从第一剂 rucaparib 起持续 28 周。患者在研究 32 周后因临床疾病进展停止了 rucaparib 治疗，随后因疼痛的骨损伤接受了姑息性放疗。

停止 rucaparib 治疗后，患者接受了 2 个周期的卡铂和卡巴他赛(静脉输注)，直到两个月后随后的扫描显示非靶肝病灶出现进展性疾病。患者停用卡铂/卡巴他赛，未接受任何进一步的抗癌治疗。由于疾病进展，患者在初步诊断后约 23 个月死亡。

前列腺癌的靶向药物基因检测的分析与共识性意见

在这里，前列腺癌靶向药物基因检测质量提升及技术验证团队报道了一名患有 BRCA 突变的 mCRPC 的患者，他对 PARP 抑制剂 rucaparib 的治疗有反应，他接受 rucaparib 治疗的时间是他接受的其他每种疗法的 2 倍以上。我们假设患者的肿瘤对 rucaparib 的反应可能是由所有BRCA2外显子的纯合缺失引起的 DDR 缺陷驱动的。值得注意的是，组织 NGS 是在初始诊断时获得的档案肿瘤样本上进行的，而血浆 NGS 是在 rucaparib 治疗之前(诊断后 43 周)获得的样本上进行的。该组织含有一个BRCA1错义改变，具有计算推断的有害影响，而患者的血浆产生了纯合的全基因BRCA2除了BRCA1改变之外的缺失。

这一结果证明了选择“正确”样品和分析类型以及分子分析的正确时间所面临的挑战。由于 Oncomine 和 FoundationOne 液体 CDx 检测都能够检测所有改变类型，因此对不一致的可能解释是肿瘤沉积物之间的时间和/或空间异质性。例如，腹膜后淋巴结(活检后不符合作为恶性病变追踪的大小标准)可能不包含BRCA2纯合子丢失(尚未)，而转移灶，例如肝脏(确实有反应)和骨骼中的转移灶，可能包含这种改变。这突出了血浆检测克服对单个病变取样的限制的能力，因为血浆可能含有来自原发性和转移性病变的 DNA ，前提是血浆中存在足够的肿瘤含量，而患者可能并非如此肿瘤负荷低或对治疗有反应的人。或者，有可能BRCA2在多西他赛和阿比特龙治疗后的初始淋巴结活检后获得纯合丢失。在疾病进展和/或治疗过程中出现的体细胞 BRCA 改变已被证明占 mCRPC 中所有 BRCA 改变的一半，其中纯合 BRCA 缺失约占 mCRPC 中所有 BRCA 改变的 20% 。因此，血浆检测的另一个优点是它能够查询当前的基因组景观，而不是通常进行组织活检时的早期疾病阶段。

在最近的一项分析中，>90% 的 mCRPC 患者具有可检测到的循环肿瘤 DNA (ctDNA) ，并且在 ctDNA 中检测到的改变频率与组织活检研究中报告的频率相似。此外，在 TRITON2 和 olaparib 的 3 期 PROfound 研究的分析中，匹配的血浆和组织对之间的高度一致性 (75–90%)突出了血浆检测在检测感兴趣基因改变中的效用，例如作为BRCA1和BRCA2。然而，有趣的是要注意像当前患者这样的病例，其中不一致的结果已经确定了其他可操作的基因改变。重要的是，在通过组织或血浆检测到 BRCA 改变的 TRITON2 型 mCRPC 患者中，rucaparib 治疗后的客观和前列腺特异性抗原反应率相似。

一般来说，对从血液中纯化的 cfDNA 进行基因组分析可以替代 mCRPC 患者的肿瘤组织检测。mCRPC 患者很少接受常规活检取样，诊断时从单一部位收集的档案活检组织可能不太能代表转移性疾病状态。由于 mCRPC 主要针对骨骼，许多患者缺乏可触及的软组织病变以进行同期活检。然而，cfDNA 可以通过微创抽血从患者身上获得，以评估同时期的基因组肿瘤景观。血浆检测的一个重要问题是由于技术或生物学因素导致的 cfDNA 检测可能出现假阳性结果，例如低变异等位基因频率和不确定潜能的克隆造血 (CHIP)；因此，可以通过组织和/或匹配的非肿瘤样本测序来补充血浆检测的使用。已经开发了技术和分析方法来解决诸如低水平的肿瘤 DNA 和检测某些类型的基因组变化(例如，融合、缺失、拷贝数变异)等困难。)。同时，在对单个样本进行测序以获得特定时间点的基因组快照时，可能有资格接受靶向治疗的缺失患者可能是一个真正的问题。建议在患者的整个疾病过程中测试来自患者的多个样本，以捕获其演变过程中的基因组拓扑结构。

总之，这个案例是一个例子，在选择靶向治疗 mCRPC 时，血浆检测与组织检测相比具有几个优势。但是，在所有情况下，医生都必须确定哪种工具可以为任何给定患者的临床情况提供最佳解决方案。

Case Reports

Front Oncol， 2022 Aug 1;12:951348. doi: 10.3389/fonc.2022.951348. eCollection 2022.